Samisk høgskole har to faginstitutter:

• Institutt for språk, duodji og samfunnsvitenskap
• Institutt for samiske lærerutdanninger 

Instituttene er de fagansattes enheter i organisasjonen, og er rådgivende organ for ledelsen. Instituttene ledes av instituttleder/dekan. Ved Samisk høgskole har instituttene en fagspesifikk inndeling. Instituttet foreslår og gjennomfører utdanninger og forskningsprosjekter internt i instituttet og på tvers av institutter.

Instituttledere og studenter er representert i Styret for forskning og utdanning, som er et vedtaksorgan underlagt Styret for Samisk høgskole

Institutt for språk, duodji og samfunnsvitenskap

Studier som er tilknyttet dette instituttet: 

Språkstudier:

• Samisk begynnerkurs og semesteremne (gir språkkompetanse til videre studier ved Samisk høgskole)
• Samisk språk og litteratur bachelor og master
• Samisk språk og litteratur årsenhet
• Samisk språk og samisk litteratur doktogradsprogram 

Duodjistudier:

• Duodji og design bachelor og duodji masterprogram

Reindriftsfag:

• Reindrift bachelor

Samfunnsfagstudier:

• Urfolksfilosofi, vitenskapelig skriving og vurdering
• Tradisjonskunnskap
• Tro og livstolkning i Sápmi
• Samisk kultur og samfunnskunnskap 1 og 2

Journalistikkstudier:

• Samisk journalistikk bachelor og samisk journalistikk i et urfolksperpektiv masterstudie

Institutt for samiske lærerutdanninger  

Alle lærerutdanninger er tilknyttet dette instituttet.

• Master i samiske grunnskolelærerutdanninger for 1.-7. trinn og 5.-10. trinn
• Samisk barnehagelærerutdanning